未来两岸航线也将建立截弯取直的新航路，北方航线毋需经过第三地航空情报区，桃园至上海的航程只需1小时22分钟，缩短了62分钟，可节省40至45的燃油，总计航空公司及旅客节省的成本，每年约达30亿元。不仅对往来两岸的民众更加便捷，台北、上海、北京三大城市也可因此真正迈入“一日生活圈”。
货机直航后，台北到上海、台北至厦门，货运时间将减为现在的1/4，只需1小时左右，若以台北对上海、北京、广州和厦门4条航线货物直航合并计算，节省运费成本近1/3、每年节省约13亿元。
两岸海运成本大幅降低依据海运的相关协议，两岸货轮将在12月中正式通航。台湾将开放11个港口，大陆则开放63个港口（港区）。
业者估算，两岸船只往来免征营业税与所得税，加上毋需再弯靠琉球，平均每航次节省航行时间16至27小时，节省运输成本15至30，若以每年4000航次计算，一年可节省12亿元。不仅如此，航程的便捷化还将有利于台湾港口以大陆市场为腹地，发展成为国际物流枢纽港。
岛内媒体指出，海运直航也有助于台湾农产品开拓大陆等新市场，以水果从台湾出口至上海市为例，不需要经第三地换证，时间将可由8天缩减为4天，运输毁损可由15降至5，货物上架时间又可增加4天，花卉可利用海运方式进入大陆市场或转运俄罗斯，台湾冬季蔬菜也可拓销大陆东北地区及转运出口至俄罗斯，养殖活鱼从此也可以登陆了。
协议打通两岸经贸关节台湾科技业也是受惠者。台湾被动组件产业运货到大陆还是以海运为主，直航后运送成本就可以省下二至三成，如果再加上人员往返的时间降低，预估可以省下高达四至五成的开销，尤其是面板产业受惠最大。因为目前面板前段制程在台湾，后段模块在大陆。虽然IC芯片的空运成本不高，但同样可以让人员往来更加便利，因此直航才被视为不景气中的救市良方。
两岸邮政协议，直接通邮的邮件范围从现有的挂号信函扩大为小包、包裹、快递邮件与一般平信。过去两岸邮局因无直接往来，彼此并未进行账务结算，这次两岸邮件协议同意让双方邮局就邮务收入进行直接账务结算。因此，两岸间邮件往来，就算不走费用高昂的航空快递，也不必像从前那样苦苦等候了。
《联合晚报》4日的评论文章说，两会签订四项协议，完成了打通两岸经贸关节的临门一脚。（特约记者 闵喆）
